تم بمقتضى الأمر عدد 2578 لسنة 2000 المؤرخ في 11 نوفمبر 2000، ضبط التنظيم الإداري والمالي وطرق تسيير ديوان الحبوب، وقد نصّ على ضرورة تسيير الديوان من طرف مجلس إدارة يرأسه رئيس مدير عام يعين بأمر وذلك باقتراح من الوزير المكلف بالفلاحة.
ويتم تعيين أعضاء المجلس طبقا لأحكام الأمر عدد 2197 لسنة 2002 المؤرخ في 07 أكتوبر 2002 وذلك لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرتين على أقصى تقدير.